Ηλεκτροφόρηση πηκτωμάτων αγαρόζης και DNA

Η ηλεκτροφόρηση πηκτωμάτων αγαρόζης είναι μια συνήθως χρησιμοποιημένη μέθοδος για την απομόνωση, τον προσδιορισμό και τον καθαρισμό των τεμαχίων DNA. Όταν τα μόρια DNA κολυμπούν στο πήκτωμα αγαρόζης, έχουν την επίδραση δαπανών και τη μοριακή επίδραση κόσκινων. Τα μόρια DNA είναι αρνητικά - χρεωμένος στη λύση pH επάνω από το ισοηλεκτρικό σημείο και κινούνται προς το θετικό ηλεκτρόδιο στο ηλεκτρικό πεδίο. Λόγω της επαναλαμβανόμενης δομής της σπονδυλικής στήλης glycophosphate, η ίδια ποσότητα του διπλού προσαραγμένου DNA έχει σχεδόν την ίδια καθαρή δαπάνη, έτσι μπορούν να κινηθούν προς τη θετική κατεύθυνση με την ίδια ταχύτητα.

Οι διαφορετικές συγκεντρώσεις του πηκτώματος αγαρόζης μπορούν να χωρίσουν τα τεμάχια DNA από 200bp σε 50kb. Στη λύση αγαρόζης, η χαμηλή συγκέντρωση του βρωμίδιου ethidum (EB) προστέθηκε στη λύση αγαρόζης. Η ζώνη DNA 10NG θα μπορούσε να ανιχνευθεί κάτω από το UV φως. Στο ηλεκτρικό πεδίο, αρνητικά - το χρεωμένο DNA μετανάστευσε στην άνοδο σε pH8.0.

Το πήκτωμα αγαρόζης έχει τα ακόλουθα χαρακτηριστικά:

(1) το μοριακό μέγεθος του DNA στη μήτρα πηκτωμάτων είναι αντιστρόφως ανάλογο προς την αξία του λογαρίθμου βάσεων, και όσο μεγαλύτερο το μόριο, τόσο πιό αργή η μετανάστευση.

(2) η συγκέντρωση αγαρόζης σε ένα συγκεκριμένο μέγεθος του γραμμικού μορίου DNA είναι διαφορετική από το πήκτωμα αγαρόζης στις διαφορετικές συγκεντρώσεις. Ο λογάριθμος της ηλεκτροφορητικής κινητικότητας (U) του DNA συσχετίζεται γραμμικά με τη συγκέντρωση πηκτωμάτων (τ).

(3) όταν η τάση είναι χαμηλή, το ποσοστό μετανάστευσης γραμμικών τεμαχίων DNA είναι ανάλογο προς την εφαρμοσμένη τάση. Εντούτοις, με την αύξηση της έντασης ηλεκτρικών πεδίων, η κινητικότητα των τεμαχίων DNA με τα διαφορετικά μοριακά βάρη θα αυξηθεί στις διαφορετικές σειρές. Με την αύξηση της τάσης, το αποτελεσματικό πεδίο χωρισμού του πηκτώματος αγαρόζης θα μειωθεί. Προκειμένου να μεγιστοποιηθεί το ψήφισμα των τεμαχίων DNA μεγαλύτερων από 2KB, η εφαρμοσμένη τάση δεν πρέπει να υπερβεί 5V/το εκατ.

(4) η ηλεκτροφορητική συμπεριφορά του DNA θερμοκρασίας ηλεκτροφόρησης στην ηλεκτροφόρηση πηκτωμάτων αγαρόζης δεν επηρεάζεται από τη θερμοκρασία της ηλεκτροφόρησης. Το σχετικό ποσοστό μετανάστευσης τεμαχίων DNA των διαφορετικών μεγεθών δεν αλλάζει σημαντικά μεταξύ 4 και 30 βαθμών, αλλά το πήκτωμα με τη χαμηλή συγκέντρωση 0,5% ή το χαμηλό πήκτωμα σημείου τήξης είναι σχετικά αδύνατο, κατά προτίμηση σε 4 βαθμούς.

(5) η χρωστική ουσία ενσωμάτωσε το φθορισμού ethidium χρωστικών ουσιών βρωμίδιο χρησιμοποιήθηκε για να ανιχνεύσει το DNA στο πήκτωμα αγαρόζης. Η χρωστική ουσία ενσωματώθηκε ανά τα συσσωρευμένα ζευγάρια βάσεων και επιμήκυνε και χάραξε το κυκλικό DNA, που καθιστά το πιό άκαμπτο και που μειώνει τη γραμμική κινητικότητα από 15%.

(6) η σύνθεση του απομονωτή ηλεκτροφόρησης ιοντικής δύναμης και η ιοντική δύναμή της έχουν επιπτώσεις στην κινητικότητα της ηλεκτροφόρησης DNA. Ελλείψει των ιόντων, όπως η κακή χρήση του αποσταγμένου νερού για να προετοιμάσει τα πηκτώματα, η αγωγιμότητα είναι ελάχιστες και κινήσεις DNA μετά βίας. Στον υψηλό απομονωτή ιοντικής δύναμης (όπως ο απομονωτής ηλεκτροφόρησης 10 Χ), η αγωγιμότητα είναι πολύ υψηλή και προφανής παραγωγή θερμότητας.

Η ηλεκτροφόρηση πηκτωμάτων αγαρόζης επίσης συνήθως χρησιμοποιείται στην απομόνωση και προσδιορισμός των νουκλεϊνικών οξέων, όπως ο προσδιορισμός DNA, την παραγωγή χαρτών ενδονουκλεάσεων περιορισμού DNA, κ.λπ. Λόγω της κατάλληλης λειτουργίας, του απλού εξοπλισμού, του μικρών μεγέθους του δείγματος και της υψηλής ανάλυσης της, αυτή η μέθοδος έχει γίνει μια από τις κοινές πειραματικές μεθόδους στην έρευνα γενετικής εφαρμοσμένης μηχανικής. Η εξάρτηση ηλεκτροφόρησης πηκτωμάτων αγαρόζης περιέχει 10 προσχηματισμούς αγαρόζης, τα γρήγορα εγχειρίδια λύσης 15mL ηλεκτροφόρησης υψηλής τάσης, φόρτωσης buffer6x 200 Λ DNA, ψαλιδιού και χρηστών, με 8 την τρύπα 6*6, 6 τρύπα 6*6, 13 τρύπα 6*12, 18 τρύπα 6*12 και άλλες προδιαγραφές.